A l'origine, le buffet (meuble contenant les tuyaux de l'orgue) fut placé au-dessus du sas d'entrée, côté nord, pour répondre au désir de le voir le plus près possible du Chœur. La console, avec ses deux claviers et son Pédalier, prit place dans la nef. Accolée au second pilier, elle faisait face au Chœur. Ainsi, l'organiste pouvait aisément suivre le déroulement des offices.
Au temps du Chanoine Niol, vers 1930, le facteur d'orgues Koënig, frère du Général, apporta des modifications à l'instrument. Une commande pneumatique fut ajoutée à la commande mécanique. Koënig fit aussi creuser le mur pour y placer la console tout près du buffet.
Monsieur Jean de Kerangat, maire de Questembert, membre du Conseil municipal pendant 44 ans et organiste durant de nombreuses années, exprima, en 1977, le vœu de déplacer l'orgue. Il estimait que l'acoustique pouvait ainsi en être améliorée. Deux tribunes existaient alors dans le fond de l'église : l'une pour les garçons et l'autre pour les filles. Monsieur de Kerangat fit détruire celle des garçons, placée en hauteur, et fit transporter le buffet et la console de l'orgue dans la tribune des filles.
Dans les années 1860, lorsqu'il fallut remplacer l'ancienne église, les Questembertois émirent le projet de bâtir une église aux dimensions d’une cathédrale. Ce projet leur fut refusé par la préfecture pour des raisons financières. Cependant, force est de reconnaître que l’édifice se révèle de proportions amples. L’acoustique elle-même est d’une grande générosité tant la réverbération est importante !